Pe data de 9 mai 2009, PNL si-a tinut al doilea Congres, ordinar, la care toate deciziile privind alegerea persoanelor in functii au fost luate, statutar, prin vot secret. Toate documentele legate de desfasurarea Congresului au fost depuse in luna mai la Ministerul Justitiei, pentru a se introduce in Registrul partidelor politice modificarile cu privire la alegerea Vitaliei Pavlicenco in functia de presedinte al Partidului National Liberal. Congresul al II-lea al PNL nu a modificat nici Statutul, nici Programul PNL, ci doar a audiat raportul cu privire la activitatea PNL in perioada 2007-2009 si a reales organele colective 
ale partidului.
Ministerul Justitiei din perioada guvernarii comuniste a refuzat sa introduca modificarile respective in
Registrul partidelor politice, argumentind prin faptul ca nu au fost prezentate semnaturile membrilor Delegatiei Politice Nationale, care au participat la sedinta ce a stabilit convocarea Congresului al II-lea al PNL (document necerut nici prima oara, cind MJ a fost informat despre demisia Vitaliei Pavlicenco si alegerea unui presedinte-interimar al PNL, nici a doua oara, cind au fost prezentate documentele dupa Congresul al II-lea), si nu au fost prezentate listele membrilor PNL – cerinta neprevazuta de Legea privind partidele politice decit daca se modifica Statutul si Programul formatiunii.
Recent, PNL a inaintat o noua cerere Ministerului Justitiei, prezentind situatia si solicitind anularea deciziei anterioare a MJ. Astazi, 5 octombrie, Vitaliei Pavlicenco i s-a remis Decizia privind inregistrarea in Registrul partidelor politice modificarile cu privire la presedintele PNL, care a primit si Extrasul din Registrul de stat al Partidelor politice, care prevede, privind PNL:
Numarul de inregistrare: 38
Data inregistrarii: 02 februarie 2007
Forma juridica de organizare: partid politic
Sediul partidului: mun.Chisinau, Calea Iesilor, 6
Presedintele partidului: Vitalia PAVLICENCO
Partidul National Liberal calificase decizia anterioara a Ministerului Justitiei drept comanda politica din partea PCRM, care a incalcat legea, razbundindu-se contra PNL pentru luarile de pozitie anticomuniste ale conducerii sale. PNL saluta abordarea de catre noul Ministru al Justitiei, potrivit legii, a solicitarii PNL si spera ca MJ din Guvernul AIE, prin deciziile pe care le va lua, va introna legea in Republica Moldova.
Serviciul de presa al PNL
Chisinau, 5 octombrie